Atsız, Boğaziçi Lisesi'nin Türkçe öğretmeni iken Orhun (1 Ekim 1943 - 1 Nisan 1944, sayı 10-16, 7 sayı)'u yeniden neşre başlamıştır.II. Dünya Savaşı sıralarında yerli komünistler faaliyetlerini fevkalade artırdıkları hâlde, resmî makamlar bu aşırı hareketlere karşı tedbir almak yerine, seyirci kalmaktaydılar.
Atsız, ilgilileri ikaz için Orhun'un Mart 1944'te yayımlanan 15. sayısında, devrin Başbakanı Şükrü Saraçoğlu'na hitaben bir "açık mektup" yayınlamıştır. Bu açık mektupta, Marksistlerin artan faaliyetleri belirtilmekte idi. Orhun kapatılmadığı takdirde bir sonraki sayısında bu aşırı faaliyetlerin belgeleri ile birlikte örneklerini vereceğini bildiren Atsız, Orhun 'un kapatılmaması üzerine Nisan 1944'te yayımlanan 16. sayıda, Giritli Ahmed Cevad Emre, Pertev Nailî Boratav, Sabahattin Ali ve Sadrettin Celâl Antel'in Marksist faaliyetlerini açıklayarak devrin Millî Eğitim Bakanı olan Hasan Ali Yücel'i istifaya çağırmıştır. Bu ikinci açık mektup, yurt içinde büyük bir millî galeyana sebep olmuş, başta İstanbul ve Ankara olmak üzere bir çok şehirde, komünizm aleyhinde gösteriler yapılmaya başlanmıştır. Bu arada Atsız'a yurdun her köşesinden mektupların, telgrafların gelmesi Ankara'daki yetkilileri tedirgin etmekte idi. Millî Eğitim camiasındaki komünistler sebebi ile kendi partisinin mensupları tarafından dahi sigaya çekilmeye başlanan Hasan Ali Yücel, ilk iş olarak Atsız'in Boğaziçi Lisesi 'ndeki edebiyat öğretmenliğine son vermiştir (7 Nisan 1944). Orhun dergisi ise Bakanlar Kurulu kararı ile yeniden kapatılmış, Sabahattin Ali de kışkırtılarak Atsız aleyhine hakaret davası açmaya zorlanmıştır.
Atsız, aleyhine dava açılınca trenle Ankara'ya gitmiş ve Türkçü gençler tarafından daha istasyonda karşılanarak, bir otelde misafir edilmiştir.
Hakaret davasının 26 Nisan 1944 günü yapılan ilk oturumu gayet hadiseli geçmiştir. Bunun üzerine 3 Mayıs 1944 tarihinde yapılan ikinci oturuma üniversite öğrencisi alınmamış, bu yüzden de devrin halk partisi iktidarını şaşırtan büyük öğrenci gösterileri olmuş ve yüzlerce kişi tevkif edilmiştir.
"Sabahattin Ali - Nihâl Atsız davası" olmaktan ziyade "Komünistliğe karşı Türkçülük davası" halini alan bu davanın 9 Mayıs 1944 günü yapılan karar oturumunda, Sabahattin Ali'ye "vatan haini" dediği için 6 aya mahkûm edilen Atsız'ın cezası hâkim tarafından "millî tahrik" gerekçesi ile 4 aya indirilmiş ve 4 aylık bu ceza da tecil edilmiştir.
Atsız, cezasının tecil edilmesine rağmen 9 Mayıs 1944 tarihinde mahkemenin kapısından çıkarken tevkif edilmiştir. 19 Mayıs 1944 törenlerinde Cumhurbaşkanı İsmet İnönü, Atsız ve arkadaşlarını ağır şekilde itham eden nutkunu söylemiş ve bu nutuk üzerine de Atsız ve 34 arkadaşı İstanbul 1 numaralı sıkıyönetim mahkemesinde yargılanmaya başlamıştır. Aralarında üniversite profesörü, öğretmen, subay, doktor ve üniversite öğrencileri bulunan sanıklar, sorguya çekme adı ile ilk önce çeşitli işkencelere maruz bırakıldıktan sonra, 7 Eylül 1944 günü yargılanmaya başlanmıştır. "Irkçılık-Turancılık davası" adı verilen ve haftada 3 gün olmak üzere 65 oturum devam eden mahkeme, 29 Mart 1945 tarihinde nihayetlenmiş ve Atsız 6,5 seneye mahkûm olmuştur.
Atsız bu kararı temyiz etmiş ve Askerî Yargıtay 1 numaralı Sıkıyönetim Mahkemesi'nin kararı esasından bozmuştur. Böylece Atsız, bir buçuk yıl kadar tutuklu kaldıktan sonra, 23 Ekim 1945 tarihinde tahliye edilmiştir.
5 Ağustos 1946 tarihinde 2 numaralı Sıkıyönetim Mahkemesi'nde tutuksuz olarak başlayan Atsız ve arkadaşlarının davası (bu dava Prof. Kenan Öner - Hasan Ali Yücel davası adı ile tanınmıştır), 31 Mart 1947 tarihinde nihayetlenmiş ve 29 oturum devam eden mahkeme bütün sanıkların beraatine karar vermiştir.
Nisan 1947'den Temmuz 1949'a kadar kendisine iş verilmeyen Atsız, Ekim 1.945 - Temmuz 1949 tarihleri arasında geçinmek için kitaplarından bazılarını satmak zorunda kalmıştır. Bir müddet Türkiye Yayınevi'nde çalışan Atsız, Türk-Rus savaşlarının özeti olan Türkiye Asla Boyun Eğmeyecektir" adlı kitabını da Sururi Ermete adlı şahsın adı ile yayınlamak zorunda kalmıştır.
Atsız'ın sınıf arkadaşlarından Prof. Dr. Tahsin Banguoğlu Millî Eğitim Bakanı olunca Atsız'ı 25 Temmuz 1949'da Süleymaniye Kütüphanesi'ne "uzman" olarak tayin etmiştir. Bir müddet bu vazifede çalışan Atsız, Demokrat Parti'nin iktidara gelmesinden sonra Haydarpaşa Lisesi Edebiyat Öğretmenliği'ne tayin olmuştur (21 Eylül 1950).
4 Mayıs 1952 tarihinde Ankara Atatürk Lisesi'nde vermiş olduğu "Türkiye'nin Kurtuluşu" konulu bir konferans üzerine. Cumhuriyet Gazetesi Atsız'ın aleyhine yalan yayın yapmış, hakkında Bakanlık tarafından tahkikat açılan Atsız'ın konuşmasının ilmî olduğu tespit edilmiş, fakat Atsız Haydarpaşa Lisesi'ndeki edebiyat öğretmenliği görevinden "muvakkat" kaydı ile alınarak (13 Mayıs 1952) yine Süleymaniye Kütüphanesi'ndeki vazifesine tayin edilmiştir.
31 Mayıs 1952 tarihinden emekliliğini istediği 1 Nisan 1969 tarihine kadar Süleymaniye Kütüphanesi'nde çalışan Atsız'ın en uzun süreli memuriyeti bu kütüphanedeki memuriyet olmuştur.
1965 yılından başlayarak Doğu ve Güney-Doğu bölgelerinde baş gösteren "yıkıcılık" ve "bölücülük" hareketleri hakkında, Atsız, (Devrin Cumhurbaşkanı Cevdet Sunay'ın Gaziantep'e giderken bir işçinin "idareciler Araplar'a toprak veriyorlar, biz Türklere vermiyorlar" sözlerine karşılık Cumhurbaşkanı Sunay'ın "Türk topraklarında yaşayan herkes Türk'tür" demesi üzerine) Ötüken'in Nisan 1967'de yayınlanan 40. sayısından itibaren "Konuşmalar, I" (Sayı 40), "Konuşmalar II" (Sayı 41) ve "Konuşmalar, III" (Sayı 43), "Bağımsız Kürt Devleti Propagandası" (Sayı 43), "Doğu mitinglerinde perde arkası'' (Sayı 47), "Satılmışlar - Moskof uşakları" (Sayı 48) adlı seri makalelerinde bölücü Marksistlerin, Doğu bölgelerimizde yaptıkları gizli çalışmaları açıklamış ve bu makaleler hakkında savcılıkça tahkikat açılmıştır. Savcılığın yaptığı ilk tahkikatta Atsız'a hiç bir suç kondurulamamıştır. Ancak bu yazılar üzerine, Ankara'daki bölücü kuruluşlar tarafından Atsız aleyhine hazırlanmış ayrılıkçılığı ilan eden bildiriler sokaklarda dağıtılmış ve aynı günlerde Adalet Partisi'nin bir Diyarbakır Senatörü, Senato kürsüsünden Atsız aleyhine ağır bir konuşma yapmıştır. Bu sistemli girişimler sonucunda, Hasan Dinçer'in Adalet Bakanı olduğu sıralarda, Bakanlık tahkikat açmış ve Atsız mahkemeye verilmiştir. Davanın devam ettiği 6 yıl içerisinde 12 Mart muhtırası verilmiş ve arkasından sıkıyönetim ilân edilmiştir. Sıkıyönetim mahkemelerinde Türk milletinin ve vatanının birliğine ve bölünmezliğine karşı çıkan yıkıcılar, bölücüler, komünistler ve anarşistler muhakeme edilirken, sivil mahkemelerde ise aynı hususlara daha 4-5 yıl önce dikkati çeken Atsız muhakeme edilmiştir. Uzun duruşmalardan sonra mahkeme Ötüken'in sahibi Atsız'ı ve sorumlusu Mustafa Kayabek'i 15'er ay hapse mahkûm etmiştir. Mahkeme başkanının karara katılmadığı ve 2-1'lik ekseriyetle verilen bu karar, temyiz edilince Yargıtay tarafından bozulmuş, fakat aynı mahkeme 2-1'lik kararda ısrar edince Yargıtay hükmü tasdik etmiştir. Atsız ve Mustafa Kayabek "Tashih-i karar" isteğinde bulunmuşlar fakat bu istekleri mahkemece kabul edilmemiş ve böylece mahkûmiyet kararı kesinleşmiştir.
Kronik enfarktüs, yüksek tansiyon ve ağır romatizmadan rahatsız olduğu için Haydarpaşa Nümûne Hastahânesı ne yatan Atsız'a, Haydarpaşa Nümûne Hastahânesi tarafından "Cezaevine konulamayacağı" kaydı bulunan rapor verilmiş, fakat 4 aylık bir rapor Adlî Tıp tarafından kabul edilmemiş ve "reviri olan cezaevinde kalabilir" şeklinde değiştirilmiştir. Bunun üzerine infaz savcılığı 14 Kasım 1973 Çarşamba günü sabahı Atsız'ı evinden aldırarak Toptaşı Cezaevi'ne sevketmiştir. 40 kişilik adi suçlular kovuşuna konulan Atsız, bir müddet sonra reviri olan Sağmalcılar Cezaevi'ne nakledilmiştir. Atsız, kesinleşen 1,5 yıllık cezasını çekmek için hapse girince, Atsız'ın yazılarından, fikirlerinden ve eserlerinden feyz alan milliyetçi ilim adamları, üniversite mensupları, gençlik teşekkülleri, kültür dernekleri vasıtası ile Türk milleti, Cumhurbaşkanına başvurup "Atsız'ı affetmesini" istemiştir. Atsız Hoca, suç işlemediğini belirterek bizzat "af" talep etmediği halde, Cumhurbaşkanı Fahri Korutürk yetkisini kullanarak Atsız'ın cezasını affetmiştir. 22 Ocak 1974'te Bayrampaşa Cezaevi'nden tahliye edilen Atsız, 1,5 yıllık cezasının 2,5 ay kadar mı cezaevinde geçirmiştir.
Fikirleri ile yaşayışını "telif eden" bir karaktere ve şahsiyete sahipti. İbn ül Emin Mahmut Kemal İnal'ın tarifi ile "Atlıyı atından indirecek derecede şiddetli yazılar yazan" Atsız, ateşli ve keskin bir üslûba sahip olması yanında, hususi hayatında; sakin, kibar, mülayim, nüktedan ve şakacı idi. Kendisinden kaç yaş küçük olursa olsun herkese "Bey" diye hitap ederdi. Vakur davranışı ve tevazu içinde yaşayışı ile, dimdik başı ve sağlam karakteri ile Atsız Bey, Türk tarihinin derinliklerinden kopup gelen bir "Türk Beyi" idi.
Hayatı boyunca Atsız ile uğraşılmıştır. Her seferinde de uğraşanlar yenilmiştir. Mağlup olanların yerine yenileri gelmiş, fakat ne Atsız'ı yıldırabilmişler ne de "ülkü"sünü yenebilmişlerdir.
Atsız, hayatında bir defa, o da ölüme karşı, mağlup olmuştur.
Türk milliyetçiliğinin öncüsü olan Atsız, kuvvetli bir Türkolog'dur. Türk dilini, tarihini ve edebiyatını gayet iyi bilen Atsız, bilhassa Türk tarihinin Göktürk devrini âdeta yaşamışçasına bilir ve severdi. Çok sevdiği bu devreyi Bozkurtlar (Bozkurtların Ölümü ve Bozkurtlar Diriliyor) adı ile romanlaştırmış ve Göktürkler'i Türk milletine tanıtarak sevdirmiştir.
Deli Kurt adlı romanı, Osmanlı tarihinin ilk devrelerinin romanlaştırılmışıdır.
Ruh Adam'daki Selim Pusat'ın şahsiyetinde Atsız'ı görürüz.
Ruh Adam'ın devamı olarak Yalnız Adam'ı yazacağını söylüyordu. Yine yazacağını bildirdiği bir eseri de Bozkurtlar'in 3. cildi idi.
Neşredilmemiş eserlerinin içerisinde "II. Mahmut'tan Günümüze Kadarki Osmanlı Hanedanı Tarihi"ni zikredebiliriz.
Yayınlanan eserlerinin yanında değişik yerlerdeki makalelerinin toplanarak yayınlanması Atsız'ın fikirlerini toplu olarak görmemizi ve düşünce silsilesini takip etmemizi sağlayacaktır.
Son yıllarda "Türk Tarihi" adlı eseri üzerinde çalışıyordu. Küçük kardeşi Necdet Sançar'ın ani ölümü Atsız için çok acı bir darbe olmuş ve Atsız, Sançar'ın ölümünden sonra ancak 10 ay kadar yaşayabilmiş, bu yüzden de üzerinde çalıştığı eserlerini bitirememiştir.
1975'in kasım ayının ortalarında hasta olduğundan şüphelenmiş, yapılan muayene ve testler sonucunda bir hastalık bulunamamıştır.
10 Aralık 1975 Çarşamba gününün akşamı kalp krizi geçirmiş, gelen doktor enfarktüs olduğunu anlayamamıştır. Ertesi akşam Atsız'ı ziyaret eden yeni bir kriz, Atsız'ı aramızdan alıp götürmüştür (11 Aralık 1975 Perşembe).
Yarım asırdır hiç bir kuvvetin Türk milliyetçiliğinin burcundan indiremediği bayraklarından birincisi olan Atsız Bey'e Kurban Bayramı dolay isiyle ziyaret yapmak isteyenler, 13 Aralık 1975 tarihinde Kurban Bayramının ilk günü Kadıköy Osmanağa Camii'nde son vazifelerini ifa ettiler ve kılınan ikindi namazını müteakip Osmanağa Câmii'nden Karacaahmet mezarlığına kardeşi Necdet Sançar'ın yanına kadar, Onu eller üzerinde taşıdılar.
Gökbörü Atsız Atam,
Kutlu tinin şad, mekânın Türk uçmağı olsun!
