1901 yılında Doğu Türkistan'ın Kaşgar vilayetine bağlı Yenihisar kazasında dünyaya geldi.Öğrenimini Doğu Türkistan'da tamamladıktan sonra çeşitli memuriyet görevlerinde bulundu.
1926 yılında Batı Türkistan'a geçerek burada milli mücadele taraftarlarıyla irtibata geçti. 1931'de Hoca Niyaz tarafından başlatılan ayaklanma sırasında Doğu Türkistan'daki valilerin halka yaptıkları zulmü Çin hükümetine anlatarak, bu durumun önlenmesini, aksi takdirde ayaklanmanın yayılacağını, Rusya'nın işgalinin sözkonusu olacağını anlattı. Ayaklanma sırasında ve sonrasında milliyetçilik faaliyetlerini sürdürdü.
1936 yılında Çin Meclisi üyeliğine de seçildi. Mücadelesini daha çok siyasi alanda yoğunlaştırmıştı. 1944'de İli'de başlayan ayaklanma neticesi kurulan hükümete girmesini İlililer istemedi. Ancak 3 yıl sonra Doğu Türkistan Hükümeti'nin başkanlığı Türkler'e verildiğinde hükümetin genel sekreterliğine getirildi. Bir yıldan fazla kaldığı bu görev esnasında, milliyetçi, anti-emparyalist ve anti-komünist politikalar sebebiyle, Rusya'nın ve Çin'in tepkilerini üzerine çekti.
1949'da Çin'in Doğu Türkistan'ı işgali ile birlikte o günkü Hindistan'ın Keşmir eyaletine iltica etti.
1954 yılında Türkiye'ye geçti. Türkiye'ye gelir gelmez İstanbul'da Doğu Türkistan Göçmenler Cemiyeti'ni kurarak, bundan sonraki faaliyetlerini Doğu Türkistan davasının dünya kamuoyuna anlatılmasında yoğunlaştırdı. Yabancı ülke yöneticileri nezdinde olduğu kadar Türkiye hükümetleri nezdinde de Doğu Türkistan davasının anlatılması için mücadele verdi. Parti liderleriyle görüştü. Başbakan ve cumhurbaşkanlarıyla görüştü.
İsa Yusuf Alptekin’in bütün ömrü; mahrumiyetler içerisinde, esir Türkistan'ın hürriyet ve bekası için inanç ve azimle mücadele içinde geçti. Ve 17 Aralık 1995 gecesi vefat etti.
